Existió Embid como aldea desde los inicios de la repoblación del señorío de Molina.
Blanca de Molina en su testamento de finales del siglo XII dice dejárselo en propiedad a su caballero Sancho López.
mando a Sancho López a Embid-sin que se sepa nada más-, y el derecho que yo hé en la Yunta. por que por ellos la mí postrimera volunatad con ayuda de Dios, e de los Muy Nobles Señores, el Rey Don Sancho, e de la Reyna Doña María, mía hermana, e de los sus hijos será cumplida.
El testamento de Blanca concede en señorío a particulares los pueblos de Alcoroches. Alustante. Castellar de la Muela. Cillas. Embid. Fuentelsaz. Herreria. Crea. El Pobo de Dueñas. Pradilla. Prados Redondos. Setiles. Tezaga. Torrecuadrada de Molina y Traid.
Alfonso XI decide fortificar Embid por su posición fronteriza entre castellanos y aragoneses. Hace merced a su criado y vasallo Diego Ordóñez de Villaquirán, bajo condición de repoblar la aldea con veinte vecinos foráneos del Reino. Le concedió, el monarca, autorización para levantar una fortaleza, con jurisdicción civil y criminal y con derechos de propiedad para él y sus sucesores a condición que no lo enajenase.
Al morir Diego Ordóñez pasa la propiedad del castillo a su hermano Ordon, canónigo de Toledo, quien en 1347 lo vendió junto con la villa de Embid a Adán García de Vargas, repostero del Rey, por 150.000 maravedíes de la moneda de Castilla. Más tarde, su hijo Juan de Vargas lo cedió a su hermana Sancha, y ésta a su vez lo vendió a Gutierre Ruiz de Vera en 1379.
Pasó después no se sabe si por compra o por usurpación, al conde de Medinaceli. Siendo señor del castillo de Embid el III conde de Medinaceli.
Juan Ruiz de los Quemadales, luego de Molina, auxilió con hombres y dinero, al Conde y a Juan II. Por recompensa o por liquidar el Conde deudas contraídas con Juan Ruiz, se le recompensó con la donación de Embid para sí y sus descendientes. El 19 de mayo de 1428 cuando éste toma posesión con todos los honores y formalidades en la Iglesia de Santa Catalina de Embid. Era ya señor, por aquel entonces, de Corduente, Guisema, Teros, El Pobo. Es su hijo Alonso de Molina.
El Ya Juan Ruíz de Molina de la casa desheredada de los Lara, señores de Molina y del territorio del río Mesa, en su testamento en 1453, dispone por escrito la herencia no sólo del castillo sino también del pueblo a su hijo Alfonso.
En 1331 Alfonso XI extendió privilegio de donación y mínimo Fuero para este enclave, disponiendo que fuera su señor Diego Ordóñez de Villaquirán, quien estaba facultado para repoblarlo con veinte vecinos, que no debían ser de otros lugares de Molina, ni siquiera castellanos, y facultándole para levantar un castillo.
En 1347, los Villaquirán vendieron Embid al caballero Adán García de Vargas, repostero del rey, en 150.000 maravedíes de la moneda de Castilla. Su hija Sancha, en 1379, vendió el lugar a Gutierre Ruiz de Vera, y éste lo perdió por usurpación que de Embid hizo, en algarada guerrera, y como acostumbraba hacer por toda la zona, el conde de Medinaceli.
En 1426, Los Medinaceli, lo ceden, con otros pueblos molineses, a Juan Ruiz de Molina o de los Quemadales, en cuya familia quedó.
Por sucesión directa fue transmitiéndose el señorío del lugar, y en 1698 un privilegio del rey Carlos II hizo marqués de Embid a su noveno señor, Diego de Molina.
Desde el verano de 2006 está restaurado el castillo de Embid, gracias al Departamento de Cultura del Instituto del Patrimonio Histórico Español y el Ilmo. Ayuntamiento. Todo ello, gracias a los miembros de la Asociación cultural "Santo Domingo de Silos", establecida en el pueblo desde el verano de 1982.
Conde GONZALO PÉREZ MANRIQUE.
III Señor de Molina y de Mesa. Cedió el Señorío al Rey Fernando III, y cambió su apellido por el de Molina. Casó con SANCHA GÓMEZ DE TRASTÁMARA, hija del Conde Gómez, señor de Trastámara. Padres, entre otros de, Pedro González de Molina "el Desheredado y de Mafalda González de Lara, casó con el Infante Alonso de León, IV señor ahora de Molina y Mesa. Con sucesión.
PEDRO GONZÁLEZ DE MOLINA “el Desheredado”. Hijo del III señor de Molina y Mesa
Participó en la conquista de Baeza y Úbeda en 1227. Pedro González de Lara a quien la historia llamará el Desheredado, pierde sus derechos sobre el señorío de Lara. Cedió el Señorío a Fernando III, y cambió su apellido por el de Molina.
I señor de Molina es don Manrique de Lara, muerto en 1164. II señor de Molina es su hijo Pedro Manrique, muerto en 1202.
III señor de Molina es su hijo Gonzalo Pérez de Lara, muerto en 1239.
V señora de Molina es la hija de los anteriores Blanca Alfonso de Lara. Muere en 1293. El señorío se incorpora a la Corona y los reyes de Castilla son señores de Molina.
Casó el Deshererado con MARÍA DE URREA, de los condes de Aranda. Padres de:
Gonzalo Pérez de Molina. Se afincó en Úbeda en 1285. Casó con GUIOMAR DE HEREDIA, de los condes de Fuentes en Aragón. Padres de Ruy González de Molina que caso en en Valencia hacia 1320 con MAGDALENA DE TORRELLAS. Padres de GIL RUIZ DE MOLINA que caso con MARI SÁNCHEZ. Padres de:
JUAN RUIZ DE MOLINA “el Caballero Viejo”. I Señor de Embid, Santiuste, Guisema, la Torre de Antón Sánchez, el Pobo de Dueñas, Teros, la Serna y la Tercaguilla; Caballero y Bachiller en Leyes. Durante el reinado de Juan II, sirvió a la Corona “con su persona, hijos, y mucha gente de a pie y a caballo mantenida a su costa”. Testó el 10-XI-1453 en Molina. Fallecido antes del 14-XI-1454. Casó con MARI DÍAZ, sepultada en la Capilla de San Francisco de Molina; hija de don Lázaro, vecino de Molina. Padres de Teresa Ruiz de Molina, casó con Mosén Lope Ximénez de Heredia, Señor de Santa Croche y Gaibiel.
Padres de Alfonso de Molina, II señor de Embid, Guisema, Tercaguilla y el Pobo. Casó con MARÍA DE AGUILERA, hija de Juan Ruiz de Aguilera y de María de la Cerda.
Padres de Mari Díaz de Aguilera que casó con Íñigo de Mendoza, señor de Argal. Y de ÍÑIGO DE MOLINA, III señor de Embid, señor de Santiuste, el Pobo y los lugares de Teros, Guisema, Olbes y Orrea Fallecido el 17-IV-1506. Casó primero con CATALINA DE MENDOZA, hija de Pedro Carrillo de Mendoza, II conde de Priego, y de María de Quiñones. Viudo casa con ISABEL DE LIÑÁN, señora de Tiestos.
Padres de ALONSO DE MOLINA, IV señor de Embid, señor del Pobo, de Teros, Guisema, Santiuste y Tiestos. Caballero de la Orden de Santiago, Alcayde de las fortalezas de Zafra, Estables y Peña-Alcázar.
Casó con ELENA DE HERRERA, hija de Fernán Gómez de Herrera, Regidor de Valladolid, del Consejo de Carlos V, y de Beatriz de Alcocer.
Padres de GABRIEL DE MOLINA, V señor de Embid, Señor del Pobo, de Teros, Guisema, Santiuste y Tiestos. Regidor de Molina. Casó en Guadalajara con MARÍA DE ARELLANO MENDOZA, hija de Urbán de Arellano, II señor de Clavijo y Miraflores, y de Elena Árias de Bobadilla.
Padres de Antonio de Molina Arellano, VI señor de la villas de Embid, el Pobo, la Aldegüela y Santiuste, y de la dehesas de Teros y Guisema; señor del Mayorazgo de Clavijo y Miraflores; Gentilhombre de la Boca de S.M. Felipe II (1572). Testó el 19-V-1622 en Molina. Casó con Ana de Mendoza y Aragón, hija de Álvaro de Mendoza, hermano del V duque del Infantado, y de María de Guzmán.
Padres de Marcos de Molina Mendoza, VII Señor de la villas de Embid, el Pobo, la Aldegüela y Santiuste, de Clavijo, y Mirafloresc, Alcalde Mayor Perpetuo de Molina (1638), Caballero de Alcántara (1631). Casó en 1269 con Francisca María de Molina Sotomayor, hija del Licenciado Melchor Ruiz de Molina, I Señor de Umera, del Consejo y Cámara de Castilla y de los de la Cruzada e Inquisición, y de Juana de Bobadilla. Es padre de Hijas.
Es tío del VII señor de Embid el VIII titular de nombre ÍÑIGO DE MOLINA por falta de varón en la línea de su hermano mayor, y rigurosa agnación del Mayorazgo de Embid que fundara el Caballero Viejo. Señor de la villa de la Aldegüela; Alguacil Mayor de Molina, Corregidor de las ciudades de Alcaraz, Úbeda, Baeza y Burgos.Casó con ANGELA DE MOLINA, natural de Madrid; hija de Hernando de Molina y de Ana de Sotomayor.
Padres de DIEGO DE MOLINA ARELLANO Y MENDOZA. Nacido en Molina y fallecido en 19-VIII-1688, sepultado en la Capilla de San Francisco de Molina. I marqués de Embid (31-XII-1687), IX señor de Embid, el Pobo, Santiuste, Teros y Guisema; Alguacil Mayor Perpetuo de Molina. Casó con ANTONIA DE LIÑÁN, natural de Calatayud; hija de Miguel de Liñán y de Violante López de Sisamón.
Padres de ÍÑIGO DE MOLINA ARELLANO Y MENDOZA. II marqués de Embid, señor del Pobo, Santiuste, Teros y Guisema; Regidor y Alguacil Mayor Perpetuo de Molina, Caballero de la Orden de Santiago. Fallecido el 27-XI-1693 en Molina. Casó con TERESA CANIEGO Y ZÚÑIGA, fallecida el 20-VIII-1689; hija de Fernando Caniego y Guzmán, Caballero de la Orden de Calatrava, Gobernador por dicha Orden de Martos y Almadén, del Consejo y Contaduría Mayor de Hacienda de S.M., Regidor Perpetuo de Guadalajara y Alférez Mayor de allí por el duque del Infantado; y de Agustina de Zúñiga.
Padres de Diego de Molina Arellano y Mendoza, III marqués de Embid, señor de la villas del Pobo, Santiuste, Teros y Guisema; Alguacil Mayor y Regidor Perpetuo de Molina; Menino de S.M. la Reina.
Santiuste en 1410 lo adquiriría Juan Ruiz de Molina o de los Quemadales, hombre de leyes y comisionado del señorío ante la Corona, a quién en 1434 el rey de Castilla, Juan II, le concedería un privilegio para colaborar en la defensa contra Aragón, facultándolo para edificar la fortaleza de Santiuste. El caballero molinés levantó su castillo, de planta cuadrada con casa-fuerte defendida por un recinto exterior protegido de desaparecidos muros y torreones esquineros.
Es el actual titular del marquesado de Embid, Luis Alvareda y Montemayor.
Orden de 2 de enero de 1992 por la que se manda expedir, sin perjuicio de tercero de mejor derecho, Real Carta de Sucesión en el título de Marqués de Embid, a favor de don Luis Albareda y Montemayor por muerte de Don Luis Guillermo Albareda y Díaz.